ガンマナイフ治療は、脳腫瘍、機能的疾患、脳血管性疾患の治療に適応されます。ガンマナイフ治療が応用される脳腫瘍には、転移性脳腫瘍、聴神経鞘腫、髄膜腫、下垂体腺腫、頭蓋咽頭腫、脳悪性リンパ腫、胚芽腫、血管芽腫、脊索腫などがあり、脳血管障害をきたす脳動静脈奇形も適応となります。